Equipe Traitement de l'information en Biologie Santé

Responsable : Thierry Lecroq

Objectifs

Rechercher, indexer et extraire des informations pertinentes dans : des données biologiques (génomes et expression des génomes) ; des systèmes d’information en santé (CISMeF, serveur multiterminologies de santé, dossier électronique du patient).

Approches

  • structures d’indexation
  • indexation automatique
  • algorithmes de recherche de motifs et de recherche d'information

Agenda de l'équipe

Equipe TIBS

Liens

Personnel

  • 12permanents
  • 6doctorants

Applications

  • biologie (séquences génomiques)
  • santé (données textuelles non structurées)

Mots clés

  • Algorithmique du texte
  • Bioinformatique
  • Génomique
  • Statistiques
  • Recherche d'informations multiterminologiques
  • Interopérabilité sémantique inter et intra terminologies

Projets en cours

  • GRR ET FEDER PlaIR (plateforme d'indexation régionale)
  • GRR STIC et Cancer 2014-2015
  • ANR BDBfr Création d’une base de données bibliographique/bibliométrique des principaux contenus scientifiques de santé en français (journaux scientifiques, encyclopédie, livres) disponible gratuitement sur l’Internet [Aide totale 384 K€  dont TIBS 162 K€]
  • ANR TerSAN Terminologes d’Interface en Santé – 2012-2015 [Aide totale 800 K€  dont TIBS 219 K€]
  • ANR TOLBIAC Terminologies et ontologies pour relier l’information de facturation à des données cliniques exactes – 2013-2015 [Aide totale 763 K€  dont TIBS 106 K€]
  • ANR SYNODOS SYstème de Normalisation et d’Organisation de Données médicales textuelles pour l’Observation en Santé [Aide totale 785 K€  dont TIBS 138 K€] – 2012-2015
  • ANR RAVEL Recherche  et  Visualisation  des  informations  dans  le dossier patient électronique – 2012-2015 [Aide totale 893 K€  dont TIBS 137 K€]
  • ANR SIFADO Conception  et  évaluation  de  méthodes  et  d’outils ergonomiques  pour  faciliter  la  saisie  et  le  codage  de  donnés textuelles et graphiques dans les dossiers médicaux électroniques – 2012-2015 [Aide totale 957 K€  dont TIBS 127 K€]
  • FUI ADR PRISM Adverse Drug Reactions from Patient Reports in Social Medias – 2014-2016 [Aide totale 1 618 K€  dont TIBS 355 K€]
  • PREPS EVALSI L’évaluation de la création de valeur par l’usage des systèmes d’information de production de soins – 2013-2017 [Aide totale 861 K€ dont TIBS 150 K€]
  • PREPS MATRIX DPRS Medication Assessment Through Real time Information eXchange – Distributed Pharmaceutical Record System – 2014-2015 [Aide totale 521 K€ dont TIBS 64 K€]
  • INCA RELYSE – REfractory LYmphoma Sequencing, Next generation sequencing (NGS) of primary refractory or relapsing patients with B-cell lymphomas and data integration to tailor therapeutic strategies in the setting of the cooperative group LYSA (The Lymphoma Study Association) – 2013-2015 [Aide totale 414 K€  dont TIBS 28 K€]
  • INCA Consortium NGS de Normandie - Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique des cancers - 2014-2015

Partenaires

Collaborations Internationales

  • PSIP (Patient Safety through Intelligent Procedures in medication) 2007-2010 (FP7-ICT-2007)
  • Orphanet (projet européen DG Sanco)
  • NLM (USA)
  • NIPH (Japon)
  • King's College London (UK)
  • Université de Catane (Italie)
  • Université de Palerme (Italie)
  • Université Nationale de Seoul (Corée du Sud)

Partenaires industriels

  • Vidal
  • Mémodata
  • Mondéca
  • BioMérieux

Réseaux de recherche

Grands Réseaux de Recherche

  • Logistique, Mobilité, Numérique

Autres réseaux

  • GDR IM - groupe de travail COMATEGE
  • GDR BIM - axe scientifique analyse des séquences
  • GDR STIC-Santé