SingleC

Description

Contexte et présentation générale du projet


Le développement récent des nouvelles techniques d’analyse de cellules uniques, dites « single cell », a rendu possible l’analyse et la comparaison des transcrits de cellules individuelles isolées à partir de suspensions cellulaires rares et/ou complexes. Ce type de technologie encore non disponible au sein des structures de recherche normandes est pourtant devenu un outil incontournable, notamment pour l’analyse de l’hétérogénéité cellulaire, dans tous les champs disciplinaires de la recherche biomédicale. Il donne actuellement lieu à des efforts collaboratifs internationaux tels que le HumanCell Atlas, qui vise à documenter la diversité et la complexité cellulaire à l’échelle d’un organisme entier. L’utilisation des approches single cell de dernière génération est donc désormais indispensable à la progression des thématiques de recherche des équipes normandes et à leur visibilité dans un contexte de compétition internationale liée en partie à la disponibilité de ce type de technologies. Parallèlement, les techniques d’analyse cellulaire en temps réel se sont également considérablement développées. Une technologie innovante (IncuCyte®) permet ainsi la quantification de processus biologiques in vitro en temps réel dans des cellules vivantes et ce, de façon dynamique et cinétique et pour de multiples tests de fonctionnalité cellulaire (cytotoxicité, prolifération, clustering, apoptose, clonage en dilution limite, angiogenèse, phagocytose, migration, ...). L’objectif général du projet est de réunir des laboratoires de champs disciplinaires divers mais partageant des approches et besoins méthodologiques communs et de mettre à leur disposition les technologies single cellet IncuCyte au sein de la plateforme de cytométrie et d’analyse cellulaire CyFlow dans une configuration de proximité immédiate avec les équipements dédiés au phénotypage cellulaire multiparamétrique et au tri de sous-populations cellulaires en cytométrie de flux, requis en amont des analyses single cell ou fonctionnelles. Il s’agît de de permettre l’évolution de la plateforme vers une structure performante d’analyse cellulaire intégrée, capable d’acquérir en parallèle des données phénotypiques, moléculaires et fonctionnelles et d’assurer de façon transversale des développements applicatifs et méthodologiques innovants. Le projet s’inscrit par ailleurs dans la perspective d’une structuration transversale du support bioinformatique indispensable à l’analyse et l’interprétation des données biologiques complexes haut débit générées.

Les partenaires

  • U1234 Physiopathologie, Auto-immunité, Maladies Neuromusculaires et THErapies Régénératrices (PANTHER)
  • U1096 endothélium, valvulopathies et insuffisance cardiaque (ENVi)
  • EA3830 Groupe de Recherche sur le Handicap Ventilatoire (GRHV)
  • EA 4308 Gamétogénèse et qualité du gamète (GQG)
  • EA 2608 Œstrogènes, Reproduction, Cancer (OeReCa)
  • EA 4108 Laboratoire d’Informatique, du Traitement de l’Information et des Systèmes (LITIS)
  • U1237 Physiopathologie et Imagerie des Troubles Neurologiques (PhIND)
  • U1245 Genomic and Personalized Medicine in Cancer and Neurological disorders


Principales actions

  1. Acquisition du Chromium controller (10X Genomics) basé sur la technologie GemCode et assurant l’addition de réactifs en phase solide (billes) à des cellules partitionnées en phase fluide pour des applications single cellRNAseq et DNAseq au sein de la plateforme CyFlow.
  2. Acquisition du système IncuCyte (Essen biotechnologies) permettant la réalisation de tests cellulaires fonctionnels en temps réel au sein de la plateforme CyFlow.
  3. Acquisition de réactifs permettant le lancement des applications single cell par des expériences pilotes.
  4. Acquisition d’un microscope inversé dédié aux activités de l’EA 2608 en soutien à la collaboration avec l’EA 4308.
  5. Recrutement d’un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) dont les activités seront partagées entre la plateforme CyFlow et l’EA 4108 et dédiées à l’analyse et l’interprétation des données haut débit produites ainsi que leveloppement d’outils mathématiques d’analyse appropriés aux questions posées.
  6. Organisation de séminaires dédiés aux échanges scientifiques, à la veille méthodologique et au partage d’expertise au sein et à l’extérieur du consortium.
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