Equipe Traitement de l'information en Biologie Santé

Rechercher, indexer et extraire des informations pertinentes dans : des données biologiques (génomes et expression des génomes) ; des systèmes d’information en santé (terminologies de santé, dossier électronique du patient).

• Biologie (séquences génomiques)
• Santé (données textuelles non structurées)

Logiciels

• miRabel : Prédiction de cibles de microARN
• HExoSplice : effet des variations sur les sites d'épissage
  
• Package R SMM : Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models
• HG-CoLoR : correction hybride de données de séquençage de troisième génération
• ELECTOR : évaluation des méthodes de correction de données de séquençage de troisième génération
• CONSENT : auto-correction de données de séquençage de troisième génération
• analyse de profil d’expression génique des tumeurs par RT-MLPA (reverse transcriptase multiplex ligation-dependant probe amplification)
• UMI-VarCal : appel de variants de basse fréquence gérant les UMI
• UMI-Gen : générateurs de reads avec UMI
• dsbwt : Efficient pattern matching in degenerate strings with the Burrows-Wheeler transform
• SMART : String Matching Algorithms Research Tool