Traitement de l'information en Biologie Santé

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Responsable d'équipe : Thierry Lecroq

Rechercher, indexer et extraire des informations pertinentes dans : des données biologiques (génomes et expression des génomes) ; des systèmes d’information en santé (terminologies de santé, dossier électronique du patient).

Approches

  • structures d’indexation (variations de la transformée de Burrows-Wheeler)
  • alignement d'ontologies
  • algorithmes de recherche de motifs et de recherche d'information (recherche classique, périodes abéliennes, recherche d'arbres cartésiens)
  • correction de données de séquençage de troisième génération
  • représentation des connaissances (visualisation et classification)
  • l’extraction de connaissances à partir de textes
  • accès sémantique aux données

Applications

  • Biologie (séquences génomiques)
  • Santé (données textuelles non structurées)

Logiciels

  • miRabel : Prédiction de cibles de microARN
  • Package R SMM : Simulation and Estimation of Multi-State Discrete-Time Semi-Markov and Markov Models
  • HG-CoLoR : correction hybride de données de séquençage de troisième génération
  • ELECTOR : évaluation des méthodes de correction de données de séquençage de troisième génération
  • CONSENT : auto-correction de données de séquençage de troisième génération
  • analyse de profil d’expression génique des tumeurs par RT-MLPA (reverse transcriptase multiplex ligation-dependant probe amplification)
  • UMI-VarCal : appel de variants de basse fréquence gérant les UMI
  • UMI-Gen : générateurs de reads avec UMI
  • dsbwt : Efficient pattern matching in degenerate strings with the Burrows-Wheeler transform
  • SMART : String Matching Algorithms Research Tool

Nos partenaires

Collaborations Internationales

  • King's College London (UK), algorithmique du texte
  • Université de Catane (Italie), algorithmique du texte
  • Université de Palerme (Italie), algorithmique du texte
  • Université Nationale de Seoul (Corée du Sud), algorithmique du texte

Collaborations nationales

  • LIMICS, informatique médicale
  • CRIStAL (équipe BONSAI), algorithmique du texte, bioinformatique
  • IRISA (équipe GenScale), algorithmique du texte, bioinformatique
  • LIRMM (équipe MAB), algorithmique du texte

Collaborations locales

Partenaires industriels

  • OmicX, bioinformatique
  • BioMérieux, ontologies médicales

Projets